Deze kerk maakte oorspronkelijk deel uit van de Maria- en Lebuïnusbasiliek vanaf de late 13e eeuw en diende als parochiekerk voor de burgerij. In de 16e eeuw scheidde de parochiekerk zich af en naast de Grote Kerk verrees de nieuwe Mariakerk.
Na het Beleg van Deventer in 1578 kwamen de calvinisten aan de macht en werd de Mariakerk deels gesloopt, waarbij de noorderzijbeuk verdween.